少し前のサーバーの常時SSL化の際に、リダイレクトで.htaccessを触った時にも関連するのですが、
.htaccessから一部の記述が消える・・・という問題がありました。
前提としては、レンタルサーバー利用、Wordpressを使用しているディレクトリでの.htaccessの内容です。
アップロードでの上書きに失敗していたのかと思い、レンタルサーバーでのFTPで上書きしたりして、うまくいっていると思っていましたが、数日後にみたら、「あれ？前に書いたはずの記述がない・・・」ってなっているですよね。
で、気づいたのですが、Wordpressでは、セキュリティ関連のプラグインなどが.htaccessを変更したり、おおもとのWordpress自体も.htaccessに記述を加えることあるようです。
wordpressのディレクトリにある.htaccessをよ～く見てみると、ファイル内に
# BEGIN WordPress
リライト記述（省略）
# END WordPress
という記述があります。
これは、ただのコメントアウトの記述ではなく、Wordpressが記述を管理しているエリアになるようです。
つまり、この中に手動で記述を入れてもWordpressにより上書きされ消えてしまうこともあるようです。
ということで、このワードプレスの記述エリアには任意の.htaccessの命令は記載しないように注意しますしょう。
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